Die überfluteten Badeseen im Landkreis Pfaffenhofen könnten durch Keime, aber auch chemisch verunreinigt sein. Weil die Sicht im Wasser schlecht und die Ufer nicht mehr gut befestigt sind, ist Baden ohne Gefahr kaum möglich. Das Landratsamt Pfaffenhofen hat deshalb ein Badeverbot für alle vom Hochwasser betroffenen Gewässer ausgesprochen. Sobald es wieder geht, wird die Wasserqualität wieder überprüft und dann nach Möglichkeit das Baden wieder frei gegeben. Das Gesundheitsamt warnt außerdem davor, überschwemmte Bereiche zum Plantschen zu nutzen, auch hier gehen die Experten von massiven mikrobiologischen und chemischen Belastungen aus.